<?
// canonical на все страницы. Пагинация — наканоническая, canonical на первую страницу.
$APPLICATION->AddHeadString('<link rel="canonical" href="https://example.ru' . str_replace('index.php', '', $APPLICATION->GetCurPage(true)) . '" />');
?>
Вставляем в header.php. При необходимости предварительно можно (нужно) отключить канонические адреса в настройках блоков на страницах.